La misteriosa civitas subì probabilmente le distruzioni causate dalle invasioni barbariche, ma non si spopolò del tutto: gli abitanti superstiti si concentrarono sulla parte più difendibile del terrazzo fluviale, dando origine ad un piccolo villaggio difeso da un profondo fossato, corrispondente all’area dell’attuale castello-ricetto. I vescovi di Bergamo fortificarono ulteriormente il villaggio a difesa del confine con Brescia. Il primo documento scritto che nomina Cividate risale all’anno 842; si tratta di un atto di vendita redatto in Bergamo e sottoscritto, tra i testimoni, da un certo Vitalis de Civitate (arch. capitolare di Bergamo n. 2611).

La prima chiesa di Cividate era intitolata a San Martino e sorgeva a sud dell’abitato.

La chiesa di San Nicolò, eretta presumibilmente dopo le prime crociate (sec. XI-XII) era in origine la chiesa del castello; nel sec. XIV sostituì quella di San Martino nel ruolo di parrocchiale.

Il castello di Cividate, attorno ai secoli XI-XII, passò al Comune di Bergamo che vi collocò famiglie di fede ghibellina: i Pensamigola, i Vegii, i Bellebono, i Terzi e i Balestra.

Durante le guerre tra Bergamo e Brescia per la giurisdizione su alcuni castelli di confine, Cividate si trovò al centro delle operazioni militari. Nel 1156 i bergamaschi furono sconfitti una prima volta nei campi Grumore tra Cividate a Palosco; qualche decennio, 1191, dopo subirono un’altra sconfitta proprio sotto il castello di Cividate, lasciando sul campo circa duemila uomini (lo scontro passò alla storia come “Battaglia della Malamorte” ).

Il nostro castello fu ancora protagonista di un altro fatto d’arme: la battaglia di Cortenuova, vinta il 27 novembre 1237 dall’imperatore Federico II sull’esercito della seconda Lega Lombarda. In quell’occasione la guarnigione bergamasca, alleata dell’imperatore, gli segnalò dal nostro castello il passaggio delle truppe nemiche dai ponti di Pontoglio e Palazzolo, appiccando il fuoco alla vicina chiesa di San Nicolò. Dopo la vittoria imperiale di Cortenuova i bergamaschi distrussero quel borgo e ne proibirono la ricostruzione. Le terre della contea guelfa di Cortenuova furono confiscate dal Comune di Bergamo e date in affitto a varie famiglie ghibelline. Gli affittuari di queste terre, non potendo collocare i propri contadini in territorio di Cortenuova, li stanziarono nei vicini comuni di Martinengo e Cividate. Iniziò così il ripopolamento del paese che si estese al di fuori del castello, occupando ben presto il sito della civitas romana (la cosiddetta “villa”).

Nel 1267 bergamaschi e cremonesi si accordarono per stabilire i confini tra le due città prima separate dalla contea di Cortenuova e scavarono tra Oglio e Serio un fossato denominato in seguito “Fosso Bergamasco”.

Nel 1290 il Comune di Bergamo fece scavare una roggia derivata dall’Oglio per irrigare le terre di Cividate e Cortenuova; il canale fu in seguito denominato Roggia Sale dal nome della famiglia che lo fece restaurare nel XIV sec. Nel 1337 fu scavato il Naviglio Civico di Cremona, la cui presa d’acqua si trova in territorio di Cividate.

Durante le lotte civili tra Guelfi e Ghibellini, che insanguinarono la Bergamasca durante tutto il XIV sec. e i primi decenni del XV, anche Cividate subì violenze e devastazioni: il 5 giugno 1404 una banda di Guelfi lodigiani incendiò e saccheggiò il paese.

Dai primi decenni del XIII secolo si andò formando il comune rurale, dapprima governato dalle famiglie nobili affittuarie dei terreni di Cortenuova, e in seguito aperto anche al ceto popolare. Le prime notizie sull’organizzazione comunale risalgono alla dominazione viscontea (sec. XIV). Tutte le cariche comunali erano affidate solo alle famiglie “antiche originarie”.

Nel gennaio 1427 il consiglio comunale di Cividate, in previsione della guerra con Venezia, giurò fedeltà al Duca di Milano nelle persone dei consoli Scolare Agnelli detto Caprone, Bertolotto Vegini e Giovanni Bolpono. Anche le famiglie Vegii e Pensamigola rimasero fedeli al duca di Milano.